بدنه و طرح:
اندازه D5000 بزرگتر از D40/D60 و کوچکتر از D80/D90 می باشد.که تفکیک زیبایی ایجاد کرده. بعلاوه اغلب ویژگی های  دوربین D90 با بدنه D60 را با هم تلفیق شده اند و D5000 را تشکیل داده است که به پشت دوربین یک مانیتور چرخان هم اضافه کرده اند.
مانیتورو تعداد پیکسل D5000 مانند E-620 می باشد و بدنه نیکون حجیم تر از دیگر دوربین هاست.

دوربین در دستان شما:
بر خلاف ظاهردوربین D5000 ،بسیار خوش دست می باشد و گیره دست آن مثال خوبی برای اثبات این مطلب می باشد. با وجود مانیتور گردان نیز کار با دوربین راحت تر شده است. دکمه AE-L/AF-L و دکمه ترکیبی نیز دارای دسترسی راحتی می باشند.

مانیتور:
دوربین D5000 مخالف مانیتور دوست داشتنی یا کیفیت در دوربین920.00   D90نیست که البته مانیتور گرانی در بین محصولات نیکون است بنابراین از مانیتور2.7 اینچی با کیفیت 230.000 استفاده کرده اند. اما Live view دوربین D5000 بسیار کند است و وقت را هدر می دهد ودر صورتی که روی سه پایه باشد مطلوبتر عمل می کند.مشکل دیگر قسمت چرخان مانیتور می باشد که وقتی بر روی سه پایه قرار بدهید دیگر نمی توانید مانیتور را بچرخانید. عکس زیر بخوبی نشان دهنده این مشکل می باشد.

View finder:
دوربین d5000 دارای viewfinder  خوبی می باشد که انداره آن کوچکتراز دوربین های D40/D60 و بزرگتر از دوربین D50 قدیمی و D70 می باشد.این دوربین دارای بزرگنمایی 0.78 و پوشش 95% محدوده .

اتوفوکوس:
در دوربین d5000 از همان سیستم اتوفوکوس 11 نقطه ای استفاده شده که نکته مهمی برای یک دوربین می باشد و فابلیت تشخیص فاصله و رنگ سوژه را دارد. نیکون پیشنهاد می کند که در هنگام عکاسی از یک سوژه از این ویژگی استفاده کنید.و سرعت جستجوی سوژه در این دوربین بیشتر از  سیستم فوکوس 51 نقطه ای در دوربین های D300 /D700 /D3 /D3Xمی باشد.

اندازه View finder :
اندازه view finder یک عامل کلیدی در کاربرد دوربین های SLR می باشد، هر چقدر که اندازه آن بزرگتر باشد راحت تر می توانید روی سوژه فوکوس کنید و برایتان لذت بخش تر است.اندازه  view finder  در D5000 کوچکتر از دوربین کانن EOS 500D و بزرگتر از ¾ دوربین های سونی می باشد و دوربین المپوس E-620  دارای کوچکترین view finder می باشد.در بیشتر دوربین ها وقتی از view finder  به منظره نگاه می کنید ،تصویر را کوچکتر می بینید و دوربین D5000 تا 95% از منظره را (افقی و عمودی) نشان می دهد.

باتری و شارژر دوربین:
در دوربین D5000 از باتری های اصلاح شده مدل های D40/D60 استفاده شده که به دوربین و شارژر های قدیمی تر هم می خورد.باتری جدید EN-EL9a که دارای ظرفیت 7.8Wh می باشد و می توانید حدودا 510 عکس با این باتری بگیرید.

دستگاه GPS :
مثل همه دوربین های اخیر نیکون این دوربین نیز مجهز به GPS می باشد که سیگنال ها را می گیرد.

بخش محافظت دیجیتال:
جایگاه کارت حافظه در قسمت پشت سمت راست گیره دست قرار دارد و درب آن به راحتی باز می شود.  اگر دوربین روشن باشد و شما درب کارت حافظه را باز کنید دوربین خاموش نمی شود بعلاوه قابلیت کارت حافظه بالا را دارد.

اتصالات:
تمام اتصالات دوربین در قسمت چپ دوربین قرار گرفته است و دارای یک پوشش پلاستیکی می باشد. همچنین مانند دوربین D90 دارای کابل GPS هم می باشد.

فلاش:
دوربین D5000 دارای فلاش الکترونیکی می باشد که بطور خودکار بالا می آید که البته بستگی به حالتی که انتخاب کردید هم دارد. فلاش این دوربین تا 88 میلیمتربالای لنز بیرون می آید وتا 12 متر را در( حساسیت 100 )پوشش می دهد همانند دوربین های D60/D90. بعلاوه دوربین D5000 قابلیت اتصال فلاش های بدون سیم نیکون  را ندارد.

پایه لنز:
لنز را در جهت چرخش ساعت بچرخانید تا لنز را نصب کنید. و با یک چرخش برخلاف عقربه ساعت لنز را قفل کنید. در دوربین هیچ سیستم اتوفوکوسی وجود ندارد و لنز با موتور اتوفوکوس روی سوژه فوکوس می کند. لنز سازان SIGMA/ TAMRON/ TOKINA برای نیکون لنز همراه با موتور فوکوس عرضه می کنند.

بخش خودکار تمیز کردن سنسور:
در دوربین D5000 همانند دوربین D90  دارای سیستم تمیز کننده سنسور است و عمالکرد این دو مثل یکدیگر است. عملکرد این سیستم اینگونه است که توسط یک لرزه گرد روی سنسور گرفته می شود.بعلاوه مثل دوربین D60  دارای سیستمی می باشد که گرد و خاک را فوت می کند.